Jmol
Jmol | |
---|---|
Captura de pantalla dunha mol�cula en Jmol | |
Desenvolvedor(es) | equipo de desenvolvemento de Jmol |
�ltima versi�n | 13.0.4 (10 de setembro de 2012) |
Repositorio | sourceforge |
Sistema operativo | multiplataforma |
Tipo | Modelizaci�n molecular |
Licenza | GPL |
Sitio web | www.jmol.org wiki.jmol.org |
Jmol � un visor de c�digo aberto de estruturas qu�micas en 3D.[1] Jmol devolve unha representaci�n tridimensional dunha mol�cula que pode usarse como ferramenta de ensino[2] ou para a investigaci�n, por exemplo en qu�mica e bioqu�mica. � software libre e de c�digo aberto, escrito en Java e por iso p�dese executar en Windows, Mac OS X, Linux e sistemas Unix. Existe unha aplicaci�n independente e un kit de ferramentas de desenvolvemento que pode integrarse noutras aplicaci�ns Java. A caracter�stica m�is notable � unha miniaplicaci�n (applet) que se pode integrar en p�xinas web para mostrar as mol�culas de moitas formas. Por exemplo, as mol�culas p�dense mostrar como modelos de "b�la e pau", modelos "que enchen o espazo", modelos de "cinta" etc.[3] Jmol � compatible cunha ampla gama de formatos de ficheiro moleculares, inclu�ndo Protein Data Bank (PDB), ficheiro de informaci�n cristalogr�fica (CIF), MDL Molfile (mol) e Chemical Markup *Language (CML).
A miniaplicación Jmol, entre outras capacidades, ofrece unha alternativa á aplicación (plug-in) Chime, que xa non está baixo desenvolvemento activo. Aínda que Jmol ten moitas características que non están dispoñibles en Chime, non pretende reproducir toda a funcionalidade de Chime (en particular, o modo de Sculpt ou esculpir). Chime require instalar un plug-in en Internet Explorer 6.0 ou Firefox 2.0 de Microsoft Windows, ou en Netscape Communicator 4.8 en MacintoshVOS/9. Jmol require instalar Java e funciona nunha ampla variedade de plataformas. Por exemplo, Jmol é completamente funcional en Mozilla Firefox, Internet Explorer, Opera, Google Chrome e Safari.
Galería de imaxes
[editar | editar a fonte]-
Estrutura cristalina dunha ribonucleproteína con caixa H/ACA de Pyrococcus furiosus.
-
Dúas pontes salinas no tetrámero de hemoglobina (o grupo hemo móstrase como varas na parte inferior dereita).
-
Un fragmento do factor de transcrición TFIIIA con tres motivos dedo de zinc consecutivos, unido a un segmento de ADN.
-
Ribosoma bacteriano 70S de Thermus thermophilus.
Notas
[editar | editar a fonte]- ↑ Chen, Jim X. (2008). Springer, ed. Guide to Graphics Software Tools. ISBN 978-1-84800-900-4.
- ↑ Herráez, A (2006). "Biomolecules in the Computer: Jmol to the Rescue". Biochemistry and Molecular Biology Education 34 (4). doi:10.1002/bmb.2006.494034042644.
- ↑ Herráez, A (2007). Lulu, ed. How to Use Jmol to Study and Present Molecular Structures, Volume 1. ISBN 978-1-84799-259-8.
Véxase tamén
[editar | editar a fonte]Ligazóns externas
[editar | editar a fonte]- Sitio web oficial de Jmol
- Wiki de Jmol onde hai unha lista de sitios web, wikis e moodles que usan Jmol (en inglés)